డిజైన్ పథకం మరియు పాలీపెప్టైడ్ పెప్టైడ్ గొలుసు యొక్క పరిష్కారం

I. సారాంశం
పెప్టైడ్‌లు ప్రత్యేకమైన స్థూల అణువులు, వాటి క్రమాలు వాటి రసాయన మరియు భౌతిక లక్షణాలలో అసాధారణంగా ఉంటాయి.కొన్ని పెప్టైడ్‌లను సంశ్లేషణ చేయడం కష్టం, మరికొన్ని సాపేక్షంగా సంశ్లేషణ చేయడం సులభం అయితే శుద్ధి చేయడం కష్టం.ఆచరణాత్మక సమస్య ఏమిటంటే, చాలా పెప్టైడ్‌లు సజల ద్రావణాలలో కొద్దిగా కరుగుతాయి, కాబట్టి మా శుద్దీకరణలో, హైడ్రోఫోబిక్ పెప్టైడ్ యొక్క సంబంధిత భాగాన్ని నాన్-సజల ద్రావకాలలో కరిగించాలి, కాబట్టి, ఈ ద్రావకాలు లేదా బఫర్‌లు వాడకానికి విరుద్ధంగా ఉండే అవకాశం ఉంది. బయోలాజికల్ ప్రయోగాత్మక విధానాలు, తద్వారా సాంకేతిక నిపుణులు పెప్టైడ్‌ను వారి స్వంత ప్రయోజనాల కోసం ఉపయోగించడం నుండి ఖచ్చితంగా నిషేధించబడ్డారు, తద్వారా పరిశోధకుల కోసం పెప్టైడ్‌ల రూపకల్పనలో క్రింది అనేక అంశాలు ఉన్నాయి.

డిజైన్ పథకం మరియు పాలీపెప్టైడ్ పెప్టైడ్ గొలుసు యొక్క పరిష్కారం
రెండవది, సింథటిక్ కష్టమైన పెప్టైడ్‌ల సరైన ఎంపిక
1. డౌన్-రెగ్యులేటెడ్ సీక్వెన్స్‌ల మొత్తం పొడవు
పెప్టైడ్ పరిమాణం పెరుగుతుంది మరియు ముడి ఉత్పత్తి యొక్క స్వచ్ఛత తగ్గుతుంది కాబట్టి 15 కంటే తక్కువ అవశేషాల పెప్టైడ్‌లను పొందడం సులభం.పెప్టైడ్ గొలుసు యొక్క మొత్తం పొడవు 20 అవశేషాలకు మించి పెరుగుతుంది కాబట్టి, ఖచ్చితమైన ఉత్పత్తి పరిమాణం ఒక కీలకమైన అంశం.అనేక ప్రయోగాలలో, 20 కంటే తక్కువ అవశేషాల సంఖ్యను తగ్గించడం ద్వారా ఊహించని ప్రభావాలను పొందడం సులభం.
2. హైడ్రోఫోబిక్ అవశేషాల సంఖ్యను తగ్గించండి
హైడ్రోఫోబిక్ అవశేషాల యొక్క పెద్ద ప్రాబల్యం కలిగిన పెప్టైడ్‌లు, ముఖ్యంగా సి-టెర్మినస్ నుండి 7-12 అవశేషాలు సాధారణంగా సింథటిక్ ఇబ్బందులను కలిగిస్తాయి.సంశ్లేషణలో B-ఫోల్డ్ షీట్ పొందబడినందున ఇది సరిగ్గా సరిపోని కలయికగా కనిపిస్తుంది."అటువంటి సందర్భాలలో, రెండు కంటే ఎక్కువ సానుకూల మరియు ప్రతికూల అవశేషాలను మార్చడానికి లేదా పెప్టైడ్ కూర్పును అన్‌లాక్ చేయడానికి పెప్టైడ్‌లో Gly లేదా Proని ఉంచడం ఉపయోగకరంగా ఉండవచ్చు."
3. "కష్టమైన" అవశేషాల నియంత్రణను తగ్గించడం
"సాధారణంగా సులభంగా సంశ్లేషణ చేయబడని అనేక Cys, Met, Arg మరియు ట్రై అవశేషాలు ఉన్నాయి."Ser సాధారణంగా Cysకి నాన్ ఆక్సీకరణ ప్రత్యామ్నాయంగా ఉపయోగించబడుతుంది.
డిజైన్ పథకం మరియు పాలీపెప్టైడ్ పెప్టైడ్ గొలుసు యొక్క పరిష్కారం

మూడవది, నీటిలో కరిగే సరైన ఎంపికను మెరుగుపరచండి
1. N లేదా C టెర్మినస్‌ని సర్దుబాటు చేయండి
ఆమ్ల పెప్టైడ్‌లకు సంబంధించి (అంటే, pH 7 వద్ద ప్రతికూలంగా ఛార్జ్ చేయబడుతుంది), ఎసిటైలేషన్ (N-టెర్మినస్ ఎసిటైలేషన్, C టెర్మినస్ ఎల్లప్పుడూ ఉచిత కార్బాక్సిల్ సమూహాన్ని నిర్వహిస్తుంది) ప్రతికూల చార్జ్‌ను పెంచడానికి ప్రత్యేకంగా సిఫార్సు చేయబడింది.అయినప్పటికీ, ప్రాథమిక పెప్టైడ్‌ల కోసం (అంటే, pH 7 వద్ద ధనాత్మకంగా ఛార్జ్ చేయబడుతుంది), అమినేషన్ (N- టెర్మినస్ వద్ద ఉచిత అమైనో సమూహం మరియు C- టెర్మినస్ వద్ద అమినేషన్) ధనాత్మక చార్జ్‌ను పెంచడానికి ప్రత్యేకంగా సిఫార్సు చేయబడింది.

2. క్రమాన్ని బాగా తగ్గించండి లేదా పొడిగించండి

కొన్ని శ్రేణులు Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr మరియు Ala వంటి పెద్ద సంఖ్యలో హైడ్రోఫోబిక్ అమైనో ఆమ్లాలను కలిగి ఉంటాయి. ఈ హైడ్రోఫోబిక్ అవశేషాలు 50% కంటే ఎక్కువగా ఉన్నప్పుడు, అవి సాధారణంగా కరిగిపోవడం సులభం కాదు.పెప్టైడ్ యొక్క సానుకూల మరియు ప్రతికూల ధ్రువాలను మరింత పెంచడానికి క్రమాన్ని పొడిగించడం ఉపయోగకరంగా ఉండవచ్చు.హైడ్రోఫోబిక్ అవశేషాలను తగ్గించడం ద్వారా సానుకూల మరియు ప్రతికూల ధ్రువాలను పెంచడానికి పెప్టైడ్ గొలుసు యొక్క పరిమాణాన్ని తగ్గించడం రెండవ ఎంపిక.పెప్టైడ్ గొలుసు యొక్క సానుకూల మరియు ప్రతికూల భుజాలు ఎంత బలంగా ఉంటే, అది నీటితో ప్రతిస్పందించే అవకాశం ఉంది.
3. నీటిలో కరిగే అవశేషాలలో ఉంచండి
కొన్ని పెప్టైడ్ గొలుసుల కోసం, కొన్ని సానుకూల మరియు ప్రతికూల అమైనో ఆమ్లాల కలయిక నీటిలో ద్రావణీయతను మెరుగుపరుస్తుంది.గ్లూ-గ్లూతో కలిపి యాసిడిక్ పెప్టైడ్‌ల యొక్క N-టెర్మినస్ లేదా C-టెర్మినస్‌ని మా కంపెనీ సిఫార్సు చేస్తోంది.ప్రాథమిక పెప్టైడ్ యొక్క N లేదా C టెర్మినస్ ఇవ్వబడింది మరియు తరువాత Lys-Lys.ఛార్జ్ చేయబడిన సమూహాన్ని ఉంచలేకపోతే, Ser-Gly-Serని N లేదా C టెర్మినస్‌లో కూడా ఉంచవచ్చు.అయినప్పటికీ, పెప్టైడ్ గొలుసు యొక్క భుజాలను మార్చలేనప్పుడు ఈ విధానం పనిచేయదు.